普通科の高校じゃなくても大丈夫ですか？（商業系など）

どの学科におきましても入学にあたっては全く関係ありませんので、ご安心ください。
むしろ「サッカービジネス科」を目指しているのであれば『商業系』ですと入学後や就職後に活かせる知識なども習得できます。